Acte 1 AD
Mission 1
Écran noir, l'image commence à s'éclaircir, mais reste floue. Finalement, elle commence à s'ajuster, le joueur voit une chambre d'hôpital aux murs complètement nus et blancs. Cependant, l'ambiance n'est pas celle d'un hôpital : on entend des hurlements et des personnes courir, signifiant que quelque chose cloche !
La porte de la chambre est défoncée, une personne entre, il s'agit de Voltigore !
Voltigore : bonjour patient n°245763, à moins que vous vouliez que je vous appelle commandante, voyez-vous, j'ai lu vos états de service.
Ancienne officière du GDI, vous avez été condamnée pour trafic d'armes avec des seigneurs de guerre et crimes de guerre : vous auriez ordonné la destruction de plusieurs villages civils qui soutenaient la cause noddie dans les zones jaunes.
Vous avez plaidé la folie et vous voilà ici, figurez-vous que j'ai besoin de vous, vous êtes une des rares personnes ayant des capacités pour le commandement et la stratégie dans cet endroit et j'ai besoin d'un second.
Voyez-vous, j'ai provoqué une révolte dans cet hôpital, j'ai fait quelques opérations sur les « malades » et les ai « transformés » en petits soldats pour ma cause, j'ai pris le contrôle de l'intérieur de l'hôpital, cependant j'ai besoin de votre aide pour le périmètre extérieur.
Voici où nous sommes retenus, un centre médical ayant servi aux noddies durant la deuxième guerre et qui a été transformé en asile par le GDI.
Nous sommes sur l'île de Kodiak, nous devons en prendre le contrôle, pour cela, exterminez tous nos adversaires, cette île sera leur tombeau, détruisez chaque homme et chaque bâtiment.
Ce ne sont que des civils à peine armés, le GDI n'interviendra pas, il semblerait qu'il soit occupé par une invasion alien.
J'ai besoin que vous fassiez ce travail pour moi, car je dois m'entretenir avec certains membres de mon cercle intime.
Néanmoins, la mission est légèrement plus compliquée que cela, vous devez d'abord mettre HS le système de défense de l'hôpital en infiltrant des corruptrices dans les centrales électriques, puis n'oubliez pas que je n'ai pas de ressources, seulement les malades de cette institution, ne sacrifiez pas trop de troupes sous peine de vous retrouver à sec. Heureusement, nous disposons de médecins que j'ai « convertis » à ma cause, ils guériront vos troupes, cependant faites attention de ne pas les perdre. Bien sûr, vous n'êtes pas obligée d'accepter mon offre, vous pouvez la refuser, mais je vous renverrai dans cet état. Vous comprenez bien que mon offre ne se refuse pas !
Localisation : île de Kodiak
Faction jouée : DarkGDI
Unités à disposition : Lobotomisés, Toubibs, Corruptrices, ressources limitées
Ennemi : civils
Objectif 1 : mettez HS les centrales qui alimentent les défenses du périmètre en infiltrant des corruptrices
Objectif 2 : détruisez toute présence hostile et prenez le contrôle de l'île
Objectif prioritaire : l'hôpital ne doit pas être détruit !
Objectif bonus : minimisez les pertes.
Mission 2
Dans la cour de l'hôpital psychiatrique, on voit un lobotomisé sur un grand-bi en train de faire le tour de l'endroit tout en poussant des hurlements gutturaux seulement couverts par les rafales de son pistolet-mitrailleur tirant en l'air. Malheureusement, ne sachant pas faire du vélo à une main, il tombe de son engin et atterrit sur le sol.
Voltigore : c'est pathétique.
Scientifique : nous pourrions améliorer le concept en mettant une mitrailleuse, un peu comme cela.
Voltigore : mouais, question arme de guerre, on a vu mieux, et sinon quelles sont les composantes de notre armée ?
Scientifique : nous disposons des ambulances de l'asile nous permettant de soigner nos troupes sur le front, nous avons récupéré également des véhicules civils comme des camping-cars afin d'imiter une des techniques des mutants durant la seconde guerre du tibérium en plaçant des soldats à l'intérieur des véhicules.
Voltigore : et qu'avons-nous de plus lourd, du matériel militaire ?
Scientifique : non, désolé.
Voltigore se met la tête entre les mains tout en prenant un air désespéré.
Voltigore : ah, commandante, félicitations pour votre succès, l'île nous appartient, cependant j'ai une nouvelle mission pour vous, vous allez débarquer sur le continent et me trouver un armement digne de ce nom, il existe une sorte de décharge dans laquelle le GDI stocke les vieux armements, je veux que vous me récupériez ceci :

Une fois de plus, la mission s'annonce plus difficile que prévu, les mutants ont investi la casse et la protègent, depuis la mort de Tratos ils sont hostiles à quiconque, GDI, Nod... Il faudra les massacrer, mais ils risquent d'utiliser contre vous les armes que je veux acquérir, ce sera une sorte de test.
Comme vous le savez, nous sommes toujours sans ressources et je ne peux pas monter une grande armée, nous allons devoir dépendre du tibérium, il existe une raffinerie que les civils utilisent, vous devez la voler pour que nous puissions produire nos unités, enfin, des civils, ce sont des mercenaires à la solde d'un seigneur de guerre local, cela n'a que peu d'importance, tuez-les tous.
Le GDI est occupé par une vaste contre-offensive contre les aliens et le Nod n'est pas présent dans la zone, cela fera deux problèmes majeurs en moins, j'oubliais, il existe une petite base alien dans le secteur, rien de très important, libre à vous de la détruire ou non.
Localisation : côte continentale proche de l'île de Kodiak
Faction jouée : DarkGDI
Unités disponibles : Lobotomisés, Médecin, Corruptrices, Ambulance, Vélo de Combat, Camping-Car d'Attaque
Ennemi : civils, mutants, Scrins
Objectif 1 : envoyez une corruptrice dans la raffinerie civile afin de disposer de ressources
Objectif 2 : emparez-vous d'un exemplaire de Désintégrateur
Objectif 3 : emparez-vous d'un exemplaire de Bombardier Orca
Objectif Bonus : emparez-vous des taudis mutants, nous avons entendu qu'un général du GDI à l'éthique aussi douteuse que la nôtre aurait besoin de spécimens pour ses expériences
Objectif Bonus 2 : détruisez la base des Aliens.
Mission 3
Voltigore est assis devant un ordinateur.
Voltigore : félicitations commandante, nous avons enfin une armée digne de ce nom, il est temps de me venger de Granger. Je vais ioniser le Pentagone, Boyle est en Islande.
EVA, connectez-moi au centre de commande des canons à ions.
EVA : veuillez entrer votre mot de passe.
Voltigore : KANELIES.
EVA : accès refusé.
Voltigore : merde, ils ont dû désactiver mon accès. Ce n'est pas extrêmement grave, si je ne peux pas utiliser les armes du GDI, je vais voler celles du Nod. Voici votre nouvel objectif : un général du Nod stocke trop de bombes à mon goût, je vais lui en voler quelques-unes, le GDI est trop occupé à attaquer les structures aliens et un certain nœud de contrôle, le Nod protège une des structures aliens, ils ne se rendront pas compte de notre action. Voici vos instructions, infiltrez une de mes corruptrices dans le temple du Nod de cette base, faites attention, la corruptrice n'est pas armée, de plus, il ne faut pas alarmer les Noddies. Une fois à l'intérieur, elle ordonnera le transfert d'ogives vers l'extérieur où une escorte de troupes du Nod, que nous avons volées, attendra. Ensuite, partez vers le point d'extraction et, si vous êtes repéré, défendez le transport. Ces ogives appartenaient au GDI au départ, je ne fais que récupérer nos biens.
Localisation : Base Nod, Canada
Faction jouée : DarkGDI, Nod
Unités à disposition : 1 corruptrice, deux buggy, deux scorpions, deux chars lance-flammes.
Ennemi : Nod
Objectif 1 : infiltrez le temple du Nod
Objectif 2 : escortez le transport vers le point d'extraction
Objectif Prioritaire : défendez le transport nucléaire.
Objectif Bonus : ne perdez aucune unité.
Entracte
Voltigore : excellent commandante, vous avez protégé notre transporteur, nous possédons enfin une arme de destruction massive, il est temps de raser le Pentagone.
Scientifique : allumez la TV monsieur, il se passe quelque chose d'important !
Les informations indiquent que le GDI a utilisé une bombe au tibérium liquide pour se débarrasser des aliens.
Les extraterrestres sont vaincus, mais des millions de morts sont à déplorer.
Granger démissionne et Boyle choisit un nouveau commandant en chef.
Voltigore : visiblement, le DarkGDI semble avoir frappé par l'intermédiaire de Boyle et de son nouveau chouchou, avec le départ de Granger, je vais pouvoir faire mon retour en grâce, annulez l'attaque sur le Pentagone, je dois parler à Boyle. Commandante, vous avez le droit à quelques jours de repos, félicitations...